A animação acompanha as tropas dos Cavaleiros Jedi que estão cada vez menores. Para restaurar a paz na galáxia, usam clones desenvolvidos geneticamente na luta contra um exército de dróides. O embate contra os separatistas vai se desenvolvendo e uma galeria de vilões (Conde Dookan, Asajj Ventres, Darth Sidious) tramam para derrotar os jedis.