Soul Eater conta a história de uma escola fictícia chamada Shibusen, localizada no estado
Americano de Nevada, criada para eliminar os Ovos de Kishins, que são seres que usam a alma de humanos (em geral devorando-as) para se tornarem mais poderosos, e as bruxas que vivem aterrorizando o mundo. Os encarregados de eliminar esses seres são os artesãos, que além de eliminar os Kishins, devem ajudar suas armas a se tornarem Death Scythes (Foices da Morte), para o Shinigami-Sama (Diretor e criador da Shibusen) usar como sua própria arma.